Після збору врожаю ґрунт виснажується, тому важливо повернути йому поживні речовини за допомогою органічних залишків: листя, трави, бадилля і дрібних гілок, що в цей період доступні у великій кількості.
Водночас восени активізуються патогенні організми, такі як фітофтора. На допомогу приходять ефективні мікроорганізми (Емочка, Байкал, Бокаші, Триходермін...), які пригнічують шкідливі грибки і підвищують родючість, розкладаючи органіку. Завдяки кільком теплим осіннім місяцям ЕМ встигають виконати свою роботу.
Важливо також боротися зі шкідниками, які зимують у ґрунті. Осіння обробка допомагає їх знищити до того, як вони сховаються у гілках дерев і чагарників, що значно полегшить весняну боротьбу.